Sau khi rời ngôi, ông sống trong cung điện cùng với hoàng tộc do nhà Ashikaga Mạc phủ quản lý.

Tháng 9/1352, lợi dụng cuộc loạn Kan'ō do mâu thuẫn giữa các con cháu Ashikaga Takauji, vua Nam triều là Thiên hoàng Go-Murakami bất ngờ đem quân tấn công Kyoto, đánh bại quân Bắc triều và bắt đi cựu Thiên hoàng Kōgon, Thiên hoàng Kōmyō, Thiên hoàng Sukō và Thái tử Tadahito về giam giữ ở Yoshino[6].

Tropng những năm cuối đời, ông sống trong ngục ở Yoshino và bắt đầu tu thiền. Ông qua đời vào ngày 5 tháng 8 năm 1364.

Trong suốt triều đại của mình, ông không đặt một chức quan nào.

Niên hiệu (nengō)

• Genko (1331-1334)
• Kenmu (1334-1336)
• Shōkei (1332-1338)